שלום וברכה,
לא עסקתי בסוגיא זו ישירות, אולם דבר ידוע הוא כי אחרונים רבים חלקו על הב"י בזה. ראה למשל:
שו"ת נודע ביהודה מהדורא תניינא - יורה דעה סימן קכה
ואני אומר שבדבר זה היה לי לדון שהרי הרשב"א יפה דבר שהגאונים והרי"ף בודאי סברי כהראב"ד מדהשמיטו דין זה ואמנם הרב ב"י בסימן קצ"ו כתב שאין ראיה מדהשמיטו הרי"ף שכמה דינים השמיט הרי"ף כי דרכו להשמיט מה שאינו מצוי וגם זה אינו מצוי שרוב הנשים דרכן להמשיך ראייתן חמשה או ששה ימים ואינן צריכות לדין זה עכ"ל הרב"י. ואני אומר שדבריו דחוקים וכמה נשים רואות יום או יומים ופוסקות. ואמנם אומר אני דהוה ליה להב"י למדרש ביה מרגניתא בכוונת הרי"ף ודריש ביה חספא אחר מחילת כבודו:
והנראה לפענ"ד בכוונת הרי"ף והגאונים שהשמיטו דבר זה דסתירת ש"ז לא משום דס"ל כהראב"ד אלא משום דהתוספות דף ל"ג ע"א בד"ה רואה הויא כתבו אומר ר"י דמשכחת בשמשה בהיתר שתסתור ע"י פליטה אחר ראיית ג"י רצופים דקיימ"ל כרבנן דר"ע דבעינן שש עונות שלימות כו' ע"ש בתוספות. ולפי זה לדעת הרמב"ם בפ"ה משאה"ט שאין פולטת מטמאה רק עד שלש עונות לא משכחת דין זה בהיתר כלל כי אם בעברה ושימשה באיסור ודבר זה ודאי לא שכיח. ולכך לא הביאו הרי"ף והגאונים הך דפליטת ש"ז לפי שהם ס"ל כהרמב"ם שאין ש"ז מטמא רק ג' עונות ולא משכחת רק באיסור ולא שכיח אבל דברי הרב"י דחוקים ועוד שהרי חזינן שהרי"ף הביא בהלכות נדה הך דתיקן רבי בשדות ושוב הביא חומרא דר"ז שרואה טיפת דם כחרדל יושבת ז"נ ולדברי הב"י למאי הלכתא הביא הך דר"ז הא לא שכיח שתראה פחות מג"י רצופים וכיון שכבר כתב הרי"ף שאין בקיאין בימי נדה וזיבה ממילא צריכה ז"נ. א"ו דשפיר שכיח שרואה יום אחד בלבד ודלא כב"י:
עם זאת, יתכן שהיה נכון לכתוב שישנה מחלוקת בדעת הרי"ף. מנגד, יתכן שהרב ראה שהדעה העיקרית (ישנם עוד אחרונים שהלכו בדרכו של הנו"ב) והמשכנעת יותר מבחינתו היא דעת הנו"ב (שהיא קצת יותר מורכבת מהדעה שהוצגה בפניני הלכה, אבל היא למעשה מגיעה בדיוק לאותו מקום - שפש"ז לא רלוונטי לבעלה (חוץ ממקרה חריג של שימשה באיסור).) ולכן הרב העדיף להכריע כמותה ולא להכביד על הקורא. אינני יודע לומר.
בברכה,
דוד